โรงเรียนนาคประสิทธิ์ ตั้งอยู่เลขที่ ๙๗/๑ หมู่ที่ ๓ ตำบลคบองใหม่ เริ่มปลูกสร้างอาคารเรียนเป็นเรือนปั้นหยา ๒ ชั้น ๖ ห้องเรียน มีมุขกลาง เมื่อวันที่ ๒๐ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๘๙ โดยท่านพระครูปลัดผัน ดิส.สสุวณโณ อดีตเจ้าอาวาสวัดบางช้างเหนือ ได้บริจาคเงินค่าปลูกสร้างและค่าโต๊ะ เก้าอี้ รวมเป็นเงิน ๒,๙๓๖ บาท มีจิตรศรัทธาร่วมบริจาคอีก ๒,๘๐๐ บาท ทำการเปิดป้าย เมื่อวันที่ ๑๔ เมษายน พ.ศ. ๒๔๘๙ (แรม ๓ ค่ำ เดือน ๔ ปีมะเส็ง ตรีศก) พร้อมกับโรงเรียนประชาบาลวัดบางช้างเหนือ โดยพระประชากรบริรักษ์ ข้าหลงจังหวัดนครปฐม เป็นประธานในพิธีพร้อมด้วยหลวงอาคารพณิชยกรรม ธรรมการจังหวัดนครปฐม หลวงประสานสิริราษฎร์ นายอำเภอสามพราน นายเดิม วรรณดิลก ธรรมการอำเภอสามพราน เปิดให้ศึกษาเล่าเรียน เมื่อวันที่ ๑๕ กรกฎาคม พ.ศ.๒๔๘๔ มีนักเรียนเริ่มต้น ๑๒๕ คน ครู ๕ คน อาคาร ๑ หลัง
ระหว่าง พ.ศ. ๒๔๘๙ - ๒๕๔๓ พระพิศาลศึกษากร (สงัด อุค.คเสโน) อดีตเจ้าอาวาสวัดบางช้างเหนือ ผู้อุปถัมภ์โรงเรียน ได้ก่อสร้างอาคารเรียน ค.ส.ร.หลายหลัง จนปัจจุบันมีอาคารเรียน ๖ หลัง พร้อมด้วยอาคารประกอบปีกรศึกษา ๒๕๔๘
ปัจจุบันโรงเรียนนาคประสิทธิ์ เป็นโรงเรียนของมูลนิธิวัดบางช้างเหนือ เป็นโรงเรียนเอกชนแห่งแรกของอำเภอสามพรานเปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาลถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย และแผนกประกาศนียบัตรวิชาชีพพระครูพิทักษ์สุนทร เจ้าอาวาสวัดบางช้างเหนือ (พ.ศ.๒๕๔๓ -ปัจจุบัน )เป็นประธานมูลนิธิ นายสันติ เย็นสบาย เป็นผู้รับใบอนุญาติทำการแทนมูลนิธิวัดบางช้างเหนือ นายจำเนียร คงคา เป็นผู้จัดการ นางสาวประนอม ยังศิริ เป็นอาจารย์ใหญ่